Охрана заповедника «Магаданский» базируется на 10 кордонах, расположенных на 4-х участках – Кава-Челомджинском, Ямском, Ольском и Сеймчанском.
Менее 30-ти государственных инспекторов охраняют территорию площадью почти миллион гектар! Все участки обособлены, сравнительно труднодоступны, на их территории нет населенных пунктов или постоянных транспортных путей.

В заповеднике реализуется масштабная программа по техническому перевооружению отдела охраны.

За счет средств федерального бюджета закуплены:

• современные снегоходы и моторные лодки
• лодочные моторы Yamaha
• КВ-трансиверы Icom IC-78
• комплекты зимней одежды для инспекторского состава
• пожарный инвентарь и оборудование

На каждом кордоне установлен информационный щит с указанием режима пребывания в заповеднике, географического расположения участка, его площади, фамилий государственных инспекторов.